اطلاعات کاربردی سنتز پرایمر


🔸معرفی خدمت  🔸اطلاعات کاربردی  🔸سوالات متداول  🔸ثبت سفارش


🔸 مقیاس سنتز پرایمر

🔹جدول مقیاس سنتز پرایمر بر اساس طول پرایمر و OD مورد انتظار:

 

🔸تخلیص پرایمر

سنتز اولیگونوکلئوتیدها منجر به تجمع ناخواسته ناخالصی ها می گردد. این ناخالصی ها شامل توالی های ناموفق سنتز شده مانند توالی های کوتاهتر، توالی های بلندتر، توالی های تغییر شکل یافته و نیز ناخالصی های تجمع یافته به واسطه پروسه سنتز می باشند که از طریق تداخل با توالی های اصلی و  یا به عنوان ممانعت کننده واکنش اصلی منجر به ایجاد نتایج غیرواقعی  و یا شکست پروژه میگردد. از اینرو تخلیص پرایمرهای سنتز شده امری اجتناب ناپذیر است که بسته به نوع کاربرد پرایمر سطوح مختلفی دارد  و شامل موارد زیر است.

 

🔸نمک زدایی ( Desalted)

تمامی الیگوها جهت خروج مولکولهای باقیمانده ناشی از تجمع مواد در حین سنتز نمک زدایی می شوند. این نوع خالص سازی برای اولیگونوکلئوتیدهای کوتاهتر از 30 و یا اولیگونوکلئوتیدهایی که برای کاربردهایی مثل PCR، توالی یابی، پروبگذاری استفاده می شوند، مناسب است. در پروژه های کلونینگ، استفاده از اولیگوهای نمکزدایی شده توصیه نمی شود.

 

🔹موارد استفاده:

  • PCR
  • DNA sequencing
  • Probing
  • Mobility shift or hybridization

 

🔸تخلیص HPLC

اولیگوهایی با طول کمتر از 50 باز را می توان با روش HPLC بطور کامل خالص سازی کرد. در طی این خالص سازی باقیمانده اولیگوهای فاقد گروه حفاظتی هیدروفوبیک DMT  در انتهای 5 (n-x truncated ) بطور کامل  خارج می شود که نتیجه آن خالص سازی 90-95% اولیگونوکلئوتیدهای هدف می باشد. RP-HPLC برای سطوح بالاتر خلوص در موارد حساس مثل کلونینگDNA fingerprinting, real-time PCR, FISH ، استفاده می شود. تخلیص HPLC برای مقیاس سنتز ژنومیکس انجام نمی پذیرد.

 

🔹موارد استفاده:

  • Molecular cloning
  • DNA fingerprinting
  • Real-Time PCR
  • FISH 

🔸تخلیص HPLC و دیالیز

دیالیز یک روش افزون بر HPLC است.  این روش تخلیص جهت اولیگوهایی استفاده میشود که در آزمایشات in vivo و در شرایط فیزیولوژیکی به کار گرفته می شوند.

 

🔹موارد استفاده:

  • Antisense experiments
  • Cell culture studies
  • Physical Chemistry and Structure Analysis (NMR, MS etc.)

🔸تخلیص PAGE

جهت خالص سازی اولیگوهای بلند (>50 bases) معمولا خالص سازی با استفاده از الکتروفورز ژل پلی اکریل امید لازم است. این یکی از بهترین روشها برای تمایز توالی های کامل از توالی هایی با یک نوکلئوتید حذف شده (n-1) بر اساس سایز و بار آنها می باشد. روش PAGE با خالص سازی  میانگین % 95 بازده خوبی را تولید میکند. در این زمینه مهم است بدانید که سطح خلوص با افزایش طول اولیگونوکلئوتید کاهش می یابد و این در مورد پرایمرهایی با طول بیش از 120 نوکلئوتید کاملا صادق است. خالص سازی PAGE  برای آزمایشهای حساس مثل کلونینگ، متاژنومیکس، انگشت نگاری DNA  و سنتز ژن توصیه می شود. تخلیص  PAGE برای مقیاس های سنتز ژنومیکس  و 15 µmol انجام نمی پذیرد.

 

🔹موارد استفاده:

  • Molecular cloning
  • Mutagenesis
  • DNA fingerprinting
  • In situ hybridization
  • Gene synthesis

 

🔸تغییرات در رشته اولیگوهای DNA/RNA

🔹توپاز ژن طیف وسیعی از تغییرات دردو انتهای '5, '3  و نوکلئوتیدهای میانی DNA /RNA  را ارائه می دهد که شامل:

  • Dyes
  • Quenchers
  • Functional Groups
  • Nucleobase Modifications
  • Bioactive Lables
  • Spacers
  • DNA/RNA Analogs
  • Miscellaneous

 

لطفا جهت کسب اطلاعات تکمیلی درباره هر یک از موارد تغییرات اولیگوها به لینک    https://www.microsynth.ch/modifications.html  مراجعه فرمایید.


🔸معرفی خدمت  🔸اطلاعات کاربردی  🔸سوالات متداول  🔸ثبت سفارش