سوالات متداول - ۳

 

  • Codon Optimization چیست و چه کاربردی در سنتز ژن دارد؟

پاسخ: اکثر اسیهای آمینه توسط کدون های متعددی کد می شوند که کدون مترادف نامیده می شوند. با این حال کدون های خاصی بیش از دیگر کدونها در هنگام ترجمه استفاده می شوند. این پدیده اصطلاحا ترجیح استفاده کدونی (codon usage bias) نام دارد و مختص به گونه می باشد. با توجه به فراوانی کدون های ژنتیکی، کدون های نادر در الگوی نوکلئوتیدی ژنهایی که سنتز می شوند می توانند با کدونهایی که فراوانی بیشتری در ژنوم میزبان دارند بدون تغییر در توالی اسید آمینه جایگزین شوند. این موضوع جهت افزایش بهره وری و بازده بیان ژن سنتزی در میزبان مورد نظر بسیار موثر و ضروری است. نرم افزارهای متعددی جهت بهینه سازی کدون به وجود امده و استفاده می شوند که اغلب علاوه بر تغییر کدون، مواردی مانند محتوای GC، توالی های تکراری و اجتناب از ایجاد سایت های برشی و  ساختارهای ثانویه در mRNA را نیز به طور همزمان بررسی می نمایند.