سوالات متداول - ۴

  • شاخص Rin در کیفیت نمونه در تکنیک RNA Seq چیست؟

در پروژه های نسل جدید توالی یابی حصول نتایج با کیفیت مهمترین نشانه برای قابل اطمینان و قابل تکرار بودن آزمایش و نتایج حاصل است و این تنها در صورتی امکان پذیر است که ماده اولیه مورد استفاده با کیفیت باشد. در تکنیک توالی یابی ترانسکریپتوم  شاخص (RIN   (RNA Integrity Number به عنوان شاخص کمی استاندارد جهت آنالیز کیفیت RNA اولیه می باشد. محدوده شاخص RIN از 0 تا 10 متغیر بوده و بر اساس سایز و نسبت پیکهای  28s به 18s در RNA اولیه محاسبه می شود. مولکولهای 28s معادل 5 کیلو باز و  مولکولهای 18s تقریبا 2 کیلو باز طول دارند و نسبت ایده ال بین 28s به 18s معادل  2.7 به 1 می باشد که البته به طور معمول نسبت 2 به 1 مورد توافق و مطلوب است. از آنجایی که مولکولهای RNA ریبوزومی پایدارترین نوع مولکولهای RNA سلولی می باشند میزان تجزیه این مولکولها شاخصی مطمئن برای تخمین تجزیه و تخریب RNA های دیگر سلول است.  در یک RNA تخریب شده، طول پیکها از اندازه واقعی و مطلوب کوچکتر بوده و پیکهای مربوط به RNA های دگراده شده به صورت نویز در زمینه آنالیز و بین دو پیک  به مقدار بیشتری مشاهده می شوند در این حالت عدد RIN کاهش می یابد.

گراف فوق شاخص RIN معادل 8.9 را نشان میدهد. در این حالت پیک مربوط به 28s تقریبا دو برابر 18s است و در زمینه گراف نویز مشاهده نمی شود و این نمونه، RNA با کیفیت و مطلوب جهت آنالیز ترانسکریپتوم است. 

 

گراف فوق مربوط به نمونه RNA تجزیه شده با شاخص RIN معادل 4.8 می باشد. در این حالت پیکهای 18s و  28s بسیار کوتاهتراز سایز مورد انتظار بوده و نویز در پس زمینه گراف  و بین دو پیک مشاهده می شود. این نمونه جهت توالی یابی ترانسکریپتوم به هیچ وجه مناسب نمی باشد.