Chip-Seq


🔸مقدمه 🔸روش کار 🔸ملزومات نمونه 🔸سوالات متداول


با ترکیب دو روش (ChIP (chromatin Immunoprecipitation  و توالی یابی نسل جدید، روش ChIP-seq به روشی قدرتمند جهت شناسایی نقاطی از DNA که محل اتصال فاکتورهای رونویسی و سایر پروتئینها هستند تبدیل شده است. طبق پروتکلهای ChIP ابتدا پروتئینهای متصل شونده به DNA توسط آنتی بادی ویژه آنها رسوب داده میشوند. به دنبال آن DNA متصل به این پروتئینها نیز رسوب داده شده و توالی یابی می شود. این روش جهت بررسی نحوه تنظیم بیان ژنهاو مسیرهای بیوشیمیایی در اغلب بیماریها مانند سرطان و نیز شناسایی مکانهای متیلاسیون هیستونها در اپی ژنتیک کاربرد دارد.

 

 

🔹مزایا و ویژگی ها:

1- زمان کوتاهتر و هزینه بسیار کم نسبت به توالی یابی ژنوم

2-احتیاج به مقدار DNA بسیار کمتر

3- تولید میلیونها read و در نتیجه داده های واضح تر و قدرتمندتر نسبت به تکنولوژی ChIP- array

4-  وجود نرم افزارهای متعدد جهت انجام آنالیز بیوانفورماتیکی

5- قابلیت انتخاب و بررسی  هر نوع خاصی از پروتئینهای متصل شونده به DNA و تغییرات پروتئین و تغییرات DNA

 

🔹کاربردها:

  • تنظیم بیان ژنها
  • اپی ژنتیک
  • تحقیقات سرطان و سایر بیماری ها
  • تکامل جنین
  • نقشگذاری ژنتیکی (Genetic imprinting)
  • بازارایی کروماتین