متاژنومیکس


🔸مقدمه 🔸روش کار 🔸ملزومات نمونه 🔸سوالات متداول


متاژنومیکس (Metagenomics) تکنیک قدرتمندی بر پایه نسل جدید توالی یابی جهت مطالعه و بررسی محیطهای میکربی به طور مستقیم و مستقل از کشت می باشد. محدودیت عمده تکنیک های وابسته به کشت این است که بیش از 99 درصد میکروارگانیسم های موجود در هر محیط  و قابل مشاهده توسط میکروسکوپ توسط تکنیکهای استاندارد کشت، قابل کشت نمی باشند. بنابر این بخش عظیمی از اجتماع میکروبی موجود در طبیعت قابل کشت در آزمایشگاه نمی باشد و در نتیجه منبع اولیه اطلاعات برای این میکروارگانیسم های غیر قابل کشت اما زنده، بیومولکولهای آنها مانند اسیدهای نوکلئیک، لیپید و پروتئین های آنها می باشد. در میان روشهای غیر وابسته به کشت روش متاژنومیکس روشی کارامد و قدرتمند در شناسایی پروفایل میکربی جوامع میکربی از یک سو و شناسایی پتانسیل ژنتیکی و بیولوزیک این جوامع از سوی دیگر می باشد. بر این اساس مطالعات ژنومیکس به دو بخش کلی تقسیم میشوند 1- متاژنومیکس عملکردی یا (functional metagenomics)   که از طریق روش توالی یابی شاتگان متاژنومیکس انجام میشود و نتیجه آن علاوه بر پروفایلینگ جامعه میکربی دستیابی به توالی و فراوانی ژنهای عملکردی مثل آنزیمهای صنعتی  و بهره برداری از آنها و کشف آنزیم ها و متابولیتهای جدید و یا یافتن مسیرهای متابولیکی شناخته شده در باکتری های ناشناخته و تولید محصولات بیوتکنولوژیک و کاربردی کردن آنها در حوزه های مختلف بیوتکنولوژی می باشد و 2- پروفایلینگ جامعه میکربی یا ( microbial community profiling)   که از طریق توالی یابی امپلیکونهای    16s/18s/ITS انجام شده و نتیجه آن دستیابی به جنس و گونه های باکتری، ارکی و قارچی محیطهای میکربی می باشد.

تحقیقات متاژنومیک را می توان در مورد  محیط های مختلفی مانند نمونه های انسانی مرتبط با پزشکی، نمونه های دامی تغذیه ای و پزشکی و بهداشتی، انرژی های نو، خاک، فیلوسفر، بستر اقیانوس ، آبهای دریا ها و چشمه ها، معادن اسیدی، نواحی بسیار شور، نواحی بسیار داغ، بدن موجودات زنده، انواع محیطهای حاوی جوامع میکربی مانند غذاهای تخمیری و  .... انجام داد.